Eðjuflóð, sem er tegund af flóði sem er samblanda af vatni, gjósku og bergbrotum, átti sér stað á meðan á gosinu stóð eftir að það rigndi mikið við jökulinn. Þetta var fyrsta staðfesta eðjuflóðið á Íslandi síðan í Heklugosinu 1947. Síðan að eldgosið í Eyjafjallajökli hófst hafði úrkoma verið lítil á svæðinu, en aðfaranótt 19. maí fór að rigna. Rigningin vatnsmettaði gjóskulög á jöklinum og í fjallshlíðum Eyjafjallajökuls sem leiddu síðan til eðjuflóðsins. Eðjuflóðið fór niður svipaðan farveg og jökulhlaupið og fór síðan út í Svaðbælisá og aðra nærliggjandi ár og læki. Þegar flóðið kom niður á láglendið við Þorvaldseyri, dró úr hraðanum á því og gjóskan í því byrjaði að setjast fyrir. Eðjuflóðið fór yfir um 0,4 km2 svæði og skildi eftir sig að meðaltali 30 cm þykkt set, sem náði allt að 200 cm þykkt víða, og var áætlað heildar magn sets í flóðinu í kringum 200.000 m3. Ólafur Eggertsson, bóndi á Þorvaldseyri, varð fyrst var við flóðið um klukkan 09:00 og náði flóðið hámarki klukkustund síðar. Eðjuflóðið olli nokkrum skemmdum á ræktuðu landi og heitavatnsleiðsu sem lá frá brunni í fjallshlíðunum og niður að Þorvaldseyri. Tjónið hefði getað orðið miklu meira, en nýbyggðir flóðvarnagarðarnir héldu og komu í veg fyrir að eðjuflóðið færi yfir stærra landsvæði.