Gosinu fylgdu jökulhlaup, bæði til suðurs og norðurs frá öskju Eyjafjallajökuls. Hlaupin urðu vegna bráðnunar jökulíss við gossprungurnar. Nokkur flóð komu niður norðan megin í Eyjafjallajökli og þá í gegnum Gígjökul og runnu síðan út í Markarfljót. Fyrsta og stærsta flóðið kom nokkrum klukkustundum eftir að eldgosið hófst og náði hámarksrennsli upp á 2.500-3.000 M3s-1 við brúnna yfir Markarfljót við þjóðveginn. Nokkur smærri hlaup fylgdu á eftir á milli 14. og 16. apríl og svo aftur enn smærri hlaup á milli 21. apríl og 5. maí, og fóru þau öll einnig út í Markarfljót. Hlaupin ullu talsverðum skemmdum á þjóðveginum við Markarfljót sem og á varnargörðum við fljótið og víða flæddi yfir land.

Eitt hlaup kom hins vegar niður suðurhlið eldfjallsins vegna gossprungunnar sem opnaðist sunnan öskjunnar. Hlaupið kom niður í dalinn fyrir ofan Þorvaldseyri og rann út í Svaðbælisá að morgni 14. apríl. Hlaupið var sem betur fer nokkuð lítið, en olli skemmdum á vegum, landbúnaðarlandi hjá Þorvaldseyri og Önundarhorni, sópaði í burtu gömlum flóðgarði, og ógnaði um tíma brúnni yfir Svaðbælisá á þjóðveginum. Hlaupið myndaði um 3 km langan skurð í gegnum jökulinn á leið sinni niður jökulinn og sést hann á ljósmyndinni. Hlaupið rauf töluvert úr veggjum gljúfranna sem það fór í gegnum og skildi eftir mikið af stórgrjóti og -öðrum framburði í dalnum fyrir ofan Þorvaldseyri. Vegna hlaupsins var ákveðið að reisa flóðvarnargarða meðfram Svaðbælisá til að reyna að hemja hlaup í framtíðinni, eitthvað sem átti eftir að reynast ómetanlegt síðar.