Gljúfrið er um 200 m á dýpt þar sem hæst er
Markarfljótsgljúfur & Markarfljótsaurar
Markarfljótsgljúfur er um 10 km langt og allt að 200 metra djúpt, og eru efri 5 km grafnir niður í móberg, en neðri 5 km eru grafnir í hraun og/eða meðfram hraunjaðri. Annað gljúfur, Tröllagjá, er einnig að finna í sama hrauni rétt norðan við Markarfljótsgljúfrið. Bæði gljúfrin grófust vegna stórra jökulhlaupa og má finna fjölmargar aðrar myndanir vegna jökulhlaupa á svæðinu, t.d. forna farvegi, gil og setlög. Jökulhlaupin eru þrenns konar; vegna eldgosa á vatnasvæði Markarfljóts, vegna tæmingar á lónum á vatnasvæði Markarfljóts, og vegna eldgosa í Kötlu undir Mýrdalsjökli.
Stærstu hlaupin verða vegna eldgosa undir Mýrdalsjökli og koma undan Entujökli, og hafa að minnsta kosti 10 stór hlaup komið úr vestanverðum Mýrdalsjökli á síðustu átta þúsund árum. Markarfljótsgljúfur var ekki grafið allt í einu hlaupi, heldur grófu nokkur hlaup mismunandi hluta gljúfursins. Efsti hlutinn grófst í hlaupi fyrir um 7500 árum og neðri hluti byrjaði að myndast í hlaupi fyrir um 4400 árum, ásamt Tröllagjá.
Myndun Markarfljótsgljúfurs hélt síðan áfram í hlaupi fyrir um 3500 árum og náði líklega að mestu núverandi mynd sinni í hlaupi fyrir um 2000 árum. Þó er ekki ljóst hvenær gljúfrið náði núverandi mynd sinni, og er líklegt að yngri hlaup hafi haft einhver áhrif, t.d. var hlaup fyrir um 1600 árum sem kláraði myndun Tröllagjár.
Markarfljót er jökulsá sem á upptök sín m.a. í vestanverðum Torfajökli og í Mýrdalsjökli, en einnig renna í hana margar aðrar ár, og er vatnasvið fljótsins um 1200 km2. Fljótið fer síðan í gegnum Markarfljótsgljúfur en byrjar að dreifa meira úr sér þegar það kemst niður á láglendið og myndar þar Markarfljótsaura, en fellur að lokum út í sjó við austanverðan Landeyjarsand. Fljótið, ásamt jökulhlaupum sem fara um ána þegar gýs í Eyjafjallajökli og norðvestanverðri Kötluöskjunni, hefur byggt upp flatlendi Landeyja.
Fljótið hefur þó einnig valdið miklu landbroti í gegnum aldirnar, en þann 6. maí 1910 var hafist handa við fyrsta varnargarðinn við fljótið til að reyna að hemja það. Garðurinn var við Seljalandsmúla og var um 700 m langur og var gerður til að koma í veg fyrir að hluti fljótsins rynni austur með Eyjafjöllunum. Fleiri garðar voru síðan reistir, flestir á milli 1930 og 1950, og eru í dag um 40 talsins. Núverandi brú var síðan vígð árið 1992, en fyrir hana var farið yfir brúna við Litla-Dímon sem var vígð árið 1934.
Note: This area is only typically open for 4x4's (rated for F-Roads) between July 8th-September 1st: