Markarfljótsgljúfur skilur á milli Fljótshlíðarafréttar, Emstruafréttar og Almenninga. Gljúfrið er um 200 m á dýpt þar sem hæst er. Um gljúfrið rennur Markarfljót er vatnasvið þess um 1200 km2 og eru megin upptök þess í Mýrdalsjökli en einnig falla í það þverár úr t.d. Eyjafjallajökli. Sandarnir sem Markarfljótið rennur um til sjávar og ósar þess nefnast Markarfljótsaurar. Mikill framburður er í fljótinu og hefur það borið milljónir tonna af sandi og leir með sér og m.a. myndað Landeyjasanda og í raun mestallt láglendi undir vestanverðum Eyjafjöllum.

Af heimasíðu Sögusetursins:
Markarfljót er jökulá sunnan Fljótshlíðar. Fljótið er um 100 km langt og getur orðið talsvert vatnsmikið. Við Markarfljót sátu Njálssynir fyrir Þráni Sigfússyni þegar hann var að koma frá Runólfi á Dal. Þráinn hafði komið Njálssonum í vandræði gagnvart Hákoni jarli í Noregi og neitaði að greiða þeim bætur þegar út var komið til Íslands. Nú skyldi hefnt. Í  þeim bardaga vó Skarphéðinn Þráin Sigfússon. Í framhaldi af því bauð Njáll Höskuldi syni Þráins og Þorgerðar Glúmsdóttur fóstur hjá sér og gerði ætíð mjög vel við Höskuld, útvegaði honum meðal annars goðorð og gott kvonfang.

Sjá á korti

63.712345727, -19.493004331|Markarfljótsgljúfur, Markarfljótsaurar|Jarðfræði|/media/83796/Markarfljotsgljufur.jpg?w=250&h=109&mode=crop|http://www.katlageopark.is/um-jardvanginn/jardvaettin/markarfljotsgljufur-markarfljotsaurar/